不同原因所引起的阴囊脱皮，治疗方法也不一样。如果阴囊脱皮为阴囊炎所引起，大多是真菌感染所导致，主要是使用抗真菌的药物进行治疗，比如氟康唑软膏。也可以使用一些外用的止痒洗剂进行清洗。
如果伴有细菌感染，以及发热的情况，还应当使用抗生素类药物进行治疗。对于过敏所导致的阴囊脱皮，主要是使用抗过敏的药物进行治疗。
在治疗的过程当中，也要注意阴囊的卫生，经常使用温水进行清洗，并且保持阴囊局部的干燥，勤换内裤。饮食要以清淡为主，不要食用辛辣的食物，也要禁忌烟酒。