婴儿细菌感染发烧的治疗，一般可以分为两个方面。首先进行退烧的治疗，其次进行病菌的消除。
低烧范围内可以给予物理降温方法进行降温。临床上比较常见的物理退烧方法包括给婴儿采用温水泡澡或者采用温水擦拭身体皮肤，促进皮肤表面温度的蒸发。
如果婴儿发烧的时候精神状态比较差或者体温比较高，超过38.5℃，就给婴儿服用对乙酰氨基酚进行退烧治疗。
婴儿发烧主要是细菌感染而导致的症状，则需要针对原发疾病进行治疗。可到医院进行细菌培养和药敏的实验检查，可通过这两项检查选择最为合适的药物。在没有进行药培之前可以根据医生的经验采用广谱抗生素药物治疗，如红霉素、阿莫西林等。