目前，临床上没有针对隐孢子虫病的特效治疗药物。隐孢子虫病常作为免疫力低下的腹泻患者，以及水源性传染病的一种常见病原体。
临床上治疗隐孢子虫病常用到的药物，主要有克林霉素、螺旋霉素、阿奇霉素等针对病原体的治疗，其中螺旋霉素可用于治疗病情严重的患者，能够减轻患者的腹泻症状，但也不能避免使病情出现复发。
另外，如果是危重患者，应该注意及时纠正水、电解质紊乱的情况。如果是免疫力低下、低蛋白血症、营养不良的患者，要积极给予营养支持治疗。如果是免疫功能有缺陷的患者，很难彻底的将虫体清除，也会使病情延长，因此恢复患者的免疫功能至关重要。