当扁桃体发炎的时候，是很可能引起头痛症状的。
首先，当扁桃体发炎出现高热的现象，例如体温超过39度以上的时候，患者因为体温的原因会引起明显的头痛发作，严重的还会伴有寒战、恶心、呕吐等症状。其次，当扁桃体发炎病毒或细菌入血的时候，因为病毒和细菌的刺激作用会导致头痛发作。
另外，扁桃体发炎的时候，既往有高血压的患者，血压会持续升高，这时应测量血压，如果血压升高应口服药物调整血压。扁桃体发炎发病后可通过抗感染治疗、退热治疗及对症治疗可改善症状。