膝关节囊肿有很多原因引起，有的是先天性的存在囊肿，还有由于外伤引起来的局部反应，甚至于骨质增生，刺激膝关节内的肌腱也会出现囊肿。
治疗膝关节囊肿的方法有很多，但是最好的方法仍然是以手术为主。手术可以将囊肿完全的切除，切除之后可以继续抗感染，进行治疗。抗感染的同时，慢慢进行功能的恢复，大部分都不会遗留后遗症。
有极个别性的，由于囊肿过大，在膝关节手术的时候出现，出血甚至于伤及肌腱的问题。只要没有以上问题，一般两周左右就可以很好恢复。