拉肚子常用的药物有补液盐、消炎药物、止泻药物、益生菌等。拉肚子期间所用的药物，需要根据引起拉肚子的病因来决定，不同的病因引起的腹泻应用的药物是不相同的。
如果细菌感染引起的拉肚子，需要服用消炎药物，常用的药物有左氧氟沙星、头孢拉定、阿莫西林等，这些药物对于细菌的控制有较好的疗效。同时需要结合服用蒙脱石散止泻，促进肠道黏膜修复，补充双歧杆菌、枯草杆菌等益生菌调节肠道内菌群，促进肠道功能恢复正常。
腹泻次数较多的，需要给予补液盐补充体内的液体，防止脱水。消化不良引起的拉肚子，可以给予健胃消食片，结合益生菌调理。