病毒性脑炎的后遗症较多，如精神障碍、癫痫、肢体无力、不自主运动等。
1.精神障碍。当患者被病毒侵袭得比较严重时，就可能会出现精神障碍，表现为情绪淡漠、表情呆滞。
2.癫痫。感染病毒后病毒会对大脑的神经元造成损害，持续性出现异常的过度放电，造成持续性癫痫。
3.肢体无力。由于运动神经被病毒入侵，运动功能出现障碍，从而引起四肢无力，是病毒性脑炎最常见的后遗症之一。
4.不自主运动。也是因为运动神经系统的功能障碍，导致手足的不自主活动。