来月经时头痛，是因为这个时候女性体内的激素发生了重大的变化。这些激素水平的变化，可以诱发植物神经功能紊乱。除了头痛之外，还会有头晕、失眠、烦躁等症状。
激素水平的变化，一方面会直接刺激大脑的痛觉敏感结构，导致头痛。另一方面，在这期间身体的变化也可能会诱发偏头痛、紧张性头痛发作。
而且在来月经期间，很多人会因为腹痛、失眠等不适的症状而影响到睡眠质量，影响到情绪。睡眠障碍的人，第二天就容易头痛。而焦虑、抑郁等不良的情绪状态，也容易诱发头痛。