如果是一侧附睾炎导致的睾丸萎缩，而对侧睾丸附睾正常，一般不会影响生育。严重的附睾炎可以波及睾丸，引起睾丸炎症。如果睾丸炎经久不愈，会导致睾丸萎缩。
睾丸的主要功能是产生睾酮，而睾酮是合成雄激素的重要原料。睾丸的另一个作用是产生精子、繁衍后代。睾丸萎缩后，其生成睾酮的能力下降，精子的数量也会减少。
但是如果对侧附睾睾丸的功能正常，一般完全可以代偿，也就是一侧睾丸萎缩，另一侧睾丸正常，其体内雄激素的水平一般正常，精子的数量正常，一般不会影响生育功能。