直肠炎很容易引起肠道菌群失调。当肠道出现炎症时，致病的微生物迅速繁殖，与肠道正常的菌群会形成竞争关系，通常致病微生物会占到优势地位，从而导致肠道益生菌大量死亡，引起菌群失调。
肠道炎症时，大量的免疫细胞及巨噬细胞在肠粘膜表面聚集，在吞噬致病微生物的同时，也会将肠道的益生菌吞噬。
另外肠炎可引起肠蠕动加快，促进肠道内容物快速的运输到肛门，排出体外，使得肠道的益生菌赖以生存的低聚糖等物质严重缺乏，阻碍有益菌群繁殖和生长。因此肠炎发作后很容易会导致肠道菌群的失调。