孕酮低只有极小的几率是黄体功能不足而导致的。由于孕酮低，有的女性会出现胚胎停育的问题，所以是需要用各种孕激素类的药物来帮助保胎治疗。
在怀孕之后，单纯的检查到孕酮偏低，而没有临床症状，现在认为并没有特别的意义。因为这个被认为是个体差异，在怀孕之后，即使是很正常的妊娠，有的人孕酮水平也是很低的，这并不代表胚胎的质量绝对不好。
孕酮在怀孕早期的时间本身也是脉冲式分泌，是可以在很大范围之内忽高忽低的变化的。但是如果孕酮的水平很低，甚至小于5个大单位，常就是代表胚胎的质量不好，胚胎不发育而使孕酮下降。