小袋纤毛虫病可以通过患者的大便检查出来。小袋纤毛虫病是一种肠道的寄生虫病，主要寄生在结肠内，患者的大便内就可以检查到寄生虫，大便的检测是此病的主要检查手段，也是确诊的方法。
人感染小袋纤毛虫病后可以出现腹痛、腹泻的症状，有些患者还可以出现便血的症状，严重的患者可以发生贫血，可以对患者进行血常规的检查，血常规可以提示患者贫血的程度。
部分患者还可以对肠粘膜进行病理学的检查，可以根据病理学的结果进行准确的诊断。