有咽喉炎并不会影响核酸检测的结果。病毒的核酸检测主要是通过收取患者咽喉部位的分泌物，来检测是否存在病毒感染的一种检查方式。这种检查方式主要是针对某些特异性的疾病进行的，检查手法比较敏感，不会受到咽喉部位炎症感染的影响。
但是在临床上，由于收集患者咽喉部位分泌物时，每位医生的操作技术不同、取得的分泌物数量不同、操作的手法不同等因素，导致病毒的核酸检测有可能会有假阳性或假阴性的情况出现。
如果患者对检测结果有怀疑，可以选择进行二次核酸检测来综合判断。