外生骨疣大部分患者是没有症状的，是不需要进行特殊治疗的，只需要做好定期的随访观察即可。
针对于有症状的患者，一般是采取手术治疗。手术是将外生骨疣完整地切除，包括骨疣的骨质部分、软骨帽部分以及骨膜部分。在外生骨疣和正常骨质的交界处，也要切除一部分正常的骨质，避免肿瘤组织残留，造成进一步的压迫或者产生肿瘤的继续生长。
术后要经过相应的限制活动、休息，一般时间在3周~4周。同时要做好切口的换药，避免出现继发感染，切口一般在12天~14天拆线。在进行休息3周、4周以后可以正常地活动，但是在活动时候要注意避免出现损伤和劳损的情况。