肺脓肿治愈需根据感染的严重程度、个体因素、肺脓肿类型、感染病原菌、治疗是否及时有效、是否有其他影响因素等综合考虑。一般情况下，肺脓肿的抗菌药物疗程为8-12周，停药标准是X线胸片脓腔和炎症消失、或仅有少量残留纤维化。
肺脓肿可以分为吸入性肺脓肿、继发性肺脓肿、血源性肺脓肿。对于血源性肺脓肿和机体抵抗力较差、合并有其他疾病的治疗时间相对较长，除了抗菌药物的使用，还需积极行痰液引流。
对于内科治疗效果较差者，或者脓腔较大估计不易愈合者，可以选择手术治疗。