对于有卵巢妊娠的女性，有可能可以用B超检查出来。尤其是卵巢上的异位妊娠内部看到有明显的卵黄囊，而且有胎心、胎芽出现的时候，就可以直接通过B超判断。
但有些卵巢妊娠的女性由于看不到明显的卵黄囊，也看不到胎心和胎芽，只是看到卵巢上出现异常的包块，而且查血HCG以后，又已经提示怀孕。这时候就要怀疑是卵巢妊娠，但却没办法通过B超来进行确诊卵巢妊娠。
通常都需要行手术将卵巢妊娠包块切除以后，再送病理检查，发现有绒毛就能够确诊是卵巢妊娠。