预防先天性巨结肠需要婚前查体、规律孕期检查，并且孕期内要避免接触有害化学物质。
先天性巨结肠是胎儿时期神经发育异常，导致结肠的神经节缺如，可以引起病变部位的结肠痉挛、狭窄，不能正常的蠕动。因此会导致粪便无法排出体外而在结肠内积聚，从而形成巨结肠，不仅影响消化功能，还能因为毒素吸收而引起全身中毒反应。
先天性巨结肠与遗传因素密切相关，因此婚孕前及孕期内应定期检查，特别是有家族史的情况。另外孕期避免接触有害化学物质，也可以降低发病率。