临床上代谢综合征和多囊卵巢综合征有以下几点区别：
第一，临床症状不同。代谢综合征患者表现为体型肥胖，伴有高血压、高血脂、血糖异常，也称X综合征，常发病于肥胖的患者，男女均可发病。多囊卵巢综合征患者多发病于育龄期女性患者，体型肥胖、皮肤多毛，伴有月经不调等症状，化验检查存在高雄激素，以及高胰岛素血症。
第二，临床风险不同。代谢综合征的临床风险主要因为高血压、高血糖、高血脂引起心脑血管疾病的发生风险明显增加。多囊卵巢综合征的患者，可出现不孕不育，严重者可导致心脑血管疾病的发生风险明显增加，子宫内膜癌的发生风险明显增加。
第三，临床处理不同。代谢综合征的患者需要在医生的指导下给予调整饮食，控制血压、血脂、减轻体重。多囊卵巢综合征的患者需要在医生的指导下，减轻体重，降低胰岛素水平治疗。常用的药物为二甲双胍，必要时需要给予相关的雌孕激素类药物治疗。