小肠间质瘤大部分病人可以治愈，尤其是早、中期的小肠间质瘤，如果能够早发现、早诊断、早治疗，通过根治性的手术切除，可以将肿瘤细胞彻底切除干净。一般情况下，早、中期的小肠间质瘤都是可以治愈的。
小肠间质瘤早期和体检比较小的时候，良性肿瘤，如果随着时间延长，体积增大，小肠间质瘤就会出现低度的恶性，而且随着时间延长，恶性程度会不断增加。
到了晚期的小肠间质瘤，变成了恶性肿瘤，也会出现扩散和转移的。晚期的小肠间质瘤彻底治愈是比较困难的，所以一定要早发现、早诊断、早治疗。