肩峰下滑囊炎早期的并发症，主要表现为冈上肌腱损伤，比较严重的患者还可并发肩袖损伤、肩关节纤维性强直。如果长时间得不到恢复，容易逐渐形成肩周炎。
多数保守治疗的患者，可能会诱发肩关节周围的肌肉出现粘连或萎缩。采用封闭注射治疗的患者，可能会出现皮肤色素变化。
手术治疗的患者可能会出现切口裂开或切口感染，容易造成创伤性肩周炎、肩关节感染。更有甚者可能会导致血管神经损伤，引起上肢反复肿胀，同时伴有上肢麻木、无力，难以恢复。