轻微的滴虫性阴道炎不会影响怀孕，当滴虫性阴道炎比较严重、迁延不愈时会引起不孕。这是因为阴道毛滴虫在女性的体内会吞噬男性的精子，而且能阻止乳酸的生成，影响精子在阴道内存活的时间，所以会合并不孕。
另外，女性有滴虫性阴道炎，假如不及时治疗，性生活时会引起交叉感染，阴道毛滴虫会影响男性的精子质量，所以也能诱发不孕。
严重的滴虫感染，即便能侥幸怀孕，不良妊娠结局的概率也比较大，比如早产、流产、低出生体重儿等，这种情况发生率比较高。