严重口腔溃疡可以通过西药治疗。如果患者是因为体内缺乏维生素所致，可以服用维生素C和维生素B治疗。如果患者溃疡很疼痛，可以通过口服消炎止痛类药物或者局部喷洒促进溃疡愈合的药物于患处，起到延长口腔溃疡的周期。
严重的口腔溃疡还可以通过中药治疗，患者可能是阴虚火旺引起，可以服用中药方剂治疗，还可以通过清热解毒类中药治疗。
日常的护理对口腔溃疡康复也有帮助，例如保持局部口腔卫生，尤其在出现溃疡的部位，保持口腔清洁卫生。多食新鲜的瓜果、蔬菜，避免辛辣、刺激性食物，饭后还要使用专业漱口水漱口，多进行户外活动，增强机体抵抗力。