肝部血管瘤的具体病因不明，可能和多种原因有关。
有些肝脏血管瘤，可以见于肝脏毛细血管感染的患者，血管发生炎症后可以导致血管的结构变形，使毛细血管扩张，发展至血管瘤。有些小毛细血管堵塞，也可以导致局部血管扩张，导致血管瘤。
有些患者发生血管瘤，可以见于长期口服雌激素的患者，长期口服雌激素可以刺激肝脏血管的生长，导致肝脏发生血管瘤。部分患者发生血管瘤，可能和胚胎时期血管的发育异常有关，血管发育畸形可以导致局部压力异常，导致血管异常增生，发生血管瘤。