如果是黄体囊肿或者滤泡囊肿，可以自行消失。两种囊肿属于生理性囊肿，一般来月经以后可以自行消失。
如果是畸胎瘤或者其他性质囊肿，多不会自行消失，而且囊肿超过5cm或者有明显不适症状出现，需要及时进行手术治疗，以免囊肿过大，引起蒂扭转或者存在癌变疾病。如果囊肿在5cm以下，而且无明显症状出现，可以先进行观察，暂不处理。
所以，右侧附件囊肿是否会消失，需要根据囊肿性质进行判断。