小肠疝气手术的后遗症主要包括切口感染、疝气复发、阴囊水肿、对补片的排斥反应等。但是大部分患者进行小肠疝气手术，恢复起来都会比较好的，并发症相对来讲比较少。
除非是对一些腹壁肌肉非常薄弱，或者是年龄比较大以及合并有糖尿病等相关的基础疾病的患者，才有可能会出现这些后遗症。
另外，对于有慢阻肺、肝硬化腹水、长期吸烟或者是体重超重的患者，这类人群的疝气也是比较容易复发的。患者进行小肠疝气手术以后，一定要注意保养、要多休息、避免负重以及剧烈的活动等。