机体免疫功能下降，有可能会导致巧克力囊肿，因为免疫因素可能与巧克力囊肿有关。
免疫调节异常在内异症的发生，发展各环节起重要作用，如果机体免疫力遭到破坏，就有可能导致巧克力囊肿。内异症与某些自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮有关。所以平时一定要注意休息，不要熬夜，不要过于劳累，要提高机体免疫力。
最容易引起巧克力囊肿的原因还是经期经血逆流，有活力的子宫内膜通过经血逆流至卵巢，在卵巢上种植，从而形成巧克力囊肿。所以，在经期不要同房、也不要剧烈运动，还要减少人工流产的次数，以防经血倒流