如果想要矫正杯状耳的先天性耳部畸形的情况，目前只能通过手术的方式来处理。而具体手术的方法需要根据患者病情的严重程度，以及是否对听力的功能造成了影响来判断。
如果患者仅表现为耳廓等部位的杯状的异形，但是并没有影响正常的听力结构，可以通过整形手术的方式来适当地增加耳廓等的长度，矫正耳部横突等部位的畸形。
但如果患者的杯状耳同时合并有听力器官以及听力功能等受损的情况，则在进行手术矫正的时候应当先对听力的结构进行重建，尽量恢复正常的听力功能。