脑脓肿术后的后遗症主要是包括偏瘫、癫痫、意识障碍、脑室炎以及伤口经久不愈等。
脑脓肿可以采取保守治疗或者是手术治疗。对于脑脓肿位置较深，术后患者可能因为损伤脑组织而导致肢体的偏瘫，因为术中脑组织受损会引起神经元的异常放电，可能会导致癫痫的发作。
对于薄壁脑脓肿，若手术过程当中，引起脓肿壁的破溃使脓液溢出，会引起在脑部以及脑室内的播散，可能会引起脑室炎以及脑炎的发生。治疗不当或者是抗感染效果不佳，可能会发生意识障碍、痴呆等后遗症；也可能会因为颅内的感染，耐药菌难以杀灭而出现伤口长期无法愈合。