小儿无脾综合征早期主要是对症治疗，比如合并有感染时，应当使用头孢菌素类的药物控制感染，在必要时还应使用限制级别的抗生素，还要应用抗炎药，比如地塞米松、甲强龙等。
当出现了呼吸衰竭等情况时，需要静脉输液治疗，并且纠正体内的水电解质紊乱，也可使用多巴酚丁胺等药物改善微循环。并且也要改善患儿的缺氧情况，比如雾化吸痰等，在必要时还应给予气管切开。
对于有手术指征的患儿可进行手术治疗，比如心血管畸形矫正术，但是手术的效果可能不会太理想，术后的死亡率较高，需要在术前做好心理准备。