药物流产和人工流产的区别在于，药物流产是针对于停经天数在四十九天以内，超生下胎囊直径小于两厘米的早期妊娠。而人工流产则是针对于停经天数在十周，也就是七十天以内的妊娠。
另外药物流产是不进行手术操作的，是通过米非司酮和米索前列醇这两种药物来终止妊娠的一种方式。通过药物对于胚胎的杀胎作用，并且通过药物促进子宫收缩的作用，将胚胎杀死，然后排出体外。
而人工流产则是通过负压吸引器将胚胎吸出，并且要进行宫腔搔刮的一个手术操作。药物流产相对于人工流产，对于子宫的损伤相对较小一些，但是药物流产的成功率只有百分之八十到九十。如果药物流产失败，还需要再次进行清宫手术。