肛瘘在治疗上多采用手术，手术的方案临床上多采用挂线疗法、瘘管切开术、瘘管切除术等，手术方式的选择依据肛瘘的低位单纯性还是高位复杂性选择。
对于高位复杂性肛瘘，术中内口探查不明确、支管较多的患者，术后多个创面暴露，伤及括约肌，肛门闭合功能减弱，粪便粪渣可能通过创口外溢。还有可能是肛门直肠内渗液，持续外渗，刺激肛门周围皮肤，引起感染或者肛门湿疹，局部瘙痒和异物感。
此时应该改善大便性状；便后及时清洗，清除粪便存留，勤换内裤。同时，多做提肛运动，增强肛门收缩能力。