子宫腺肌症切除子宫后有一定的不良反应，有些是可以通过干预，来减轻这种后遗症的。首先切除子宫后，因它是一种盆腔内的手术操作，在盆腔有个创面。活动的肠管可能就会与创面粘连，所以就有引起术后肠粘连、肠梗阻可能。
女性子宫切除后，尤其是偏年轻的女性，可能会更早出现更年期综合症，比如出现明显潮热、烦躁、抑郁等症状。还可能更容易发生尿频、尿急等尿路感染等症状。随年龄增加后，阴道前后壁可能更容易脱垂了，部分的女性可能会出现性欲的下降，同房的疼痛感等。术后肠粘连的发生有些事不可避免。术后早起活动是很重要的，它可以减轻肠粘连、肠梗阻的发生。
同时，因为子宫腺肌症大部分女性都有痛经可能，甚至是还有其它部位的子宫内膜异位病灶。有些在还没绝经的女性在切除子宫后，可能仍有痛经的可能。甚至严重的有肛门坠胀感，所以不可能完全缓解症状。甚至有的人行子宫切除术后，还需要再予以药物治疗。但是对于那些没有痛经，也没有其它地方病灶的女性，子宫切除术后可以予以小剂量激素治疗，缓解子宫切除术后引起的后遗症，减轻症状。