阴茎根部长疙瘩，有可能是毛囊炎，也有可能是尖锐湿疣引起。
阴茎部位长疙瘩，最大的可能性可能是毛囊炎。因为阴茎部位有毛囊，毛发平时如果不注意卫生，局部经常潮湿闷热，经常用手抓挠，很容易受到金黄色葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌等感染，从而出现化脓性的毛囊炎，表现为红色的小丘疹。需要积极地应用抗生素抗感染治疗。如果已经形成化脓，需要切开脓包引流，再涂抹莫匹罗星软膏。
也有可能是尖锐湿疣引起，主要是体内感染人乳乳头瘤病毒，形成的菜花状凸起，可有瘙痒和疼痛，需要做激光切除。