肠套叠一般用水和空气及钡剂灌肠。空气和水主要用于灌肠治疗，钡剂灌肠主要用于肠套叠检查，钡剂灌肠后在X线下观察，可见造影为杯口样显影，显影处为病变处。
空气和水用于灌肠治疗时，必须在B超下观察，同时用B超进行扫描，观察溶液及空气是否能使乙状结肠慢慢充盈肠管，有效地流到肠套叠部位。灌肠的同时还应用手按摩患者的腹部，加快溶液的流动实现复位成功。
患者病情比较严重或病程超过48小时，以及通过灌肠及手法复位失败，需要通过开放性手术或腔镜手术进行治疗。