胃食管反流病是有多种因素造成的消化道动力障碍性疾病。
常见的病因：一个是食管抗反流防御机制的减弱。在解剖学上就常见就是食管下括约肌压力发生改变。正常人食管下括约肌压力是10~30mmHg，防止胃内容物逆流入食管。在一些因素的影响下比如激素、食物就是高脂肪的巧克力性的食物或者是药物，或者腹内压增高、胃内压增高等等情况。凡是引起食管下括约肌发生改变的情况，都会引发胃食管反流病。
另一个是食管清除作用，正常情况下发生胃食管反流，大部分的反流物会在食管的自发或者是制发性的蠕动会把它排回胃里，这个叫容量清除是食管廓清的主要方式。剩余的就是由唾液缓慢的综合，所以食管蠕动和唾液产生的异常都会引发胃食管反流病。
再一个就是食管粘膜屏障，它如果被破坏掉也会引起胃食管反流病。
还有一个就是反流物对食管粘膜攻击作用，反流物刺激或损害了食管粘膜，损害程度和反流物的质和量都有关系。由于反流物于粘膜的接触时间、接触部位有关系，所以损伤之后也容易发生胃食管反流病。