月经干净后肚子痛的原因可能有以下两种：
1.和女性生殖系统疾病有关。如果患有生殖系统疾病，可能会在经期过后出现病情反复的现象，因此会引起小腹痛、肛门坠胀、白带增多、腥臭等，比如附件炎、阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎等。再者，妇科肿瘤等也会出现腹部胀痛，腹部触诊可能会触及肿物，通过临床检查确诊后予以手术治疗。
2.其他系统疾病引起腹痛。比如消化系统疾病，或是肝硬化、腹水、膀胱炎、泌尿系统结石等疾病，引起的腹痛刚好在月经结束后发作，但是和月经没有直接关系。可以通过体格检查、实验室化验、影像学检查等，予以确诊并进行治疗，病情好转后腹痛症状能减轻。