上颌后缩会导致牙齿咬合关系出现异常、牙齿拥挤、面部中三分之一凹陷、面部下三分之一突出，如果不进行及早治疗，还会导致咀嚼功能低下、舌体偏大、说话不清楚、颞下颌关节紊乱等情况的发生。
上颌后缩除了上述危害之外，还可能会使患者产生自卑心理，影响正常的社交活动，因此当出现上颌后缩的情况后，应及早进行治疗。
因为上颌后缩的发生多与遗传有关，因此在治疗时通常需要进行序列治疗，针对患者的乳牙期、替牙期以及恒牙期等，不同阶段需采取不同的治疗措施。