正常精子的颜色是灰白色或者是略带浅黄色。一般超过3天以上的禁欲，精液的颜色就会逐渐变黄、变黑、变浓，同样如果精子生成速度加快，精子的颜色也会比较深。
当泌尿生殖系统受感染时，精液颜色会呈现脓黄，并带有臭味，如果有精囊炎时，可能出现血精，这种情况下异常颜色就会呈现红色或咖啡色。
如果精液呈黄色，一般提示男性辅助性腺，如前列腺或后尿道有炎症表现。如精液为红色或铁锈色或棕褐色，则常提示精液中有血，称为血精，提示辅助性腺，如精囊腺和后尿道有炎症等。