引起男性腰肾部位疼痛的原因有腰外伤、肾积水、肾囊肿。
1.腰外伤。如果患者腰部受到外伤或是从事体力活动导致腰肌劳损，会使腰部肌肉出现损伤，腰部黏膜处的神经及血管受到刺激会产生疼痛。
2.肾积水。肾脏积水会导致肾脏体积扩大，肾脏扩大会使肾脏的外周包膜、血管及神经末梢受到过度牵拉产生疼痛。
3.肾囊肿。肾囊肿产生腰部疼痛一方面是由于囊肿破裂后，囊肿内的坏死物质刺激肾脏黏膜及血管，使其过度收缩产生疼痛。另一方面是由于囊肿不断扩大压迫周围正常组织，神经末梢受到压迫后影响信号传递，出现疼痛。