龟头炎和阴茎疱疹是两种不同的疾病，临床上区别主要有以下几点：
第一，病因不同。龟头炎是由于各种病原体感染引起，比如常见的细菌、病毒、真菌、滴虫等；而阴茎疱疹是由于生殖器疱疹病毒感染引起。
第二，阴茎疱疹主要通过性生活传播，一般具有很强的传染性，在不洁性生活后很容易被感染；龟头炎一般没有传染性。
第三，治疗用药不同。阴茎疱疹治疗主要选择抗病毒药物，比如阿昔洛韦、更昔洛韦等药物；而龟头炎的治疗主要选择抗真菌、抗细菌类的药物治疗。