无痛肠镜过程中需要使用镇静剂和麻醉剂，在麻醉师监护下行麻醉诱导通常是非常安全的，最常见不良反应为麻醉剂的不良作用，如低血压少见的有心动过缓，有个别进展为心博停止的报告。罕见的不良反应有过敏、头痛、横纹肌溶解等。
无痛肠镜是为了避免患者在肠镜检查过程中，由于肠道牵张以及检查过程中需要向肠道内注入空气产生的腹痛、腹胀等不适，缓解病人的紧张、恐惧的情绪，减少胃肠道蠕动，以便于观察和处理病灶。
在麻醉师严密的监控下，静脉给予速效的镇静剂和麻醉剂，使患者在不知不觉中完成结肠镜检查。
检查和治疗结束后，患者一般在短时间内便可苏醒，通常没有不适感。
因此，无痛肠镜的检查过程和普通肠镜并没有任何区别，不同的只是患者在麻醉状态下完成内镜检查。