慢性肾盂肾炎病程漫长，不容易将其治愈，完全康复也非常困难，主要是通过应用药物缓解症状，以及预防慢性肾盂肾炎复发。
慢性肾盂肾炎大多数经过急性肾盂肾炎没有彻底治愈后发展而来，会损害正常的肾脏结构，这种疾病最终会导致肾功能损害，也有可能会并发肾周脓肿和肾盂脓肿等并发症，甚至是引起肾衰竭的一个主要原因。
治疗主要是使用抗生素，根据尿液细菌培养和抗生素敏感试验的结果，选择有效抗生素进行治疗，还要注意积极纠正并发症，延缓肾脏功能恶化的程度。