因为先天性肛门闭锁，根据症状和体征，一般诊断不是很困难。因此，在鉴别诊断方面没有特殊的，主要是与异位肛门进行相鉴别。
异位肛门主要是指肛门不在正常位置，位于骶部或者阴囊附近，但肛柱、肛窦俱全。女性发病率多于男性，其中肛门前异位占大多数，可伴或者不伴狭窄或者失禁。
对于异位肛门，其诊断主要是根据其解剖位置相比与正常肛门有一定改变，同时还需要进行相关辅助检查。辅助检查主要是通过倒立位腹部侧位x线平片、b超、磁共振等进行确诊。