绒毛穿刺和羊水穿刺都是临床上常见的产前诊断方式，然而普遍采用羊水穿刺检查。
由于绒毛穿刺临床使用并不多，所以两者之间不存在对比性，两者诊断的准确率还是相当高的，两者误诊的都很少。
两者检查，主要是确诊胎儿有无畸形，是否存在染色体异常以及神经管缺陷等情况。但是，这两个检查的时间是不一样的，绒毛穿刺检查时间是怀孕12周内，但容易造成流产风险。羊水穿刺手术相对简单，实验室处理标本也相对容易一些，一般在孕16周以后可以做此检查。