细粒棘球蚴病的主要症状是包虫囊肿，患者的症状和包虫囊肿的部位有关。
有些患者出现肝脏囊肿，如果囊肿比较小，患者可以没有任何的症状。如果囊肿较大、生长迅速，可以出现右上腹部胀痛的症状。囊肿如果对胆总管造成压迫导致胆汁淤积引起黄疸的症状，甚至诱发急性的胆道感染。
细粒棘球蚴侵犯肺部可以导致肺囊肿，患者出现胸痛的症状，严重的可以出现发热、咳嗽等症状。有些囊肿发生破溃导致患者发生窒息。细粒棘球蚴还可以引起其它部位的囊肿，不同部位囊肿出现不同的临床表现。