气管镜检查的目的，主要是为了明确诊断，以及镜下的一系列临床治疗。
对于不明原因的占位可以选择气管镜检查，主要是针对中央型肺癌的患者，可以通过气管镜检查进行局部的活检以及刷检。这样留取病理标本，对疾病的诊断是具有很好的意义。
同时对于严重的肺部感染、脓肿的患者，可以选择支气管镜下肺泡灌洗，留取细菌培养的标本，这样比普通的痰标本更精准。对于气管异物的，也可以进行气管镜检查取出异物。
还有一些呼吸系统介入治疗，都是以气管镜检查为基础。