幽门螺旋杆菌没杀死可以进行第二次治疗，但是在治疗时要更换其他的抗生素类药物进行治疗，同时还需要应用质子泵抑制剂和胃黏膜保护剂，平时还需要多注意饮食。必要时进行药敏实验，选择敏感的抗生素。
幽门螺杆菌治疗失败多是由于耐药性和依从性差所导致的，由于抗生素的种类比较多，应用比较广泛，幽门螺旋杆菌对很多药物会产生耐药性。
而且有些患者在治疗的过程当中，存在随便停药、间断服药、不按疗程服用、随意增减药物剂量等情况，也有可能会导致治疗效果差。