服用藿香正气水，不能和一些有滋补性功效的中药，或者一些中成药同时使用，比如中药中的人参、党参、黄芪、鹿茸等，还有一些中成药，如六味地黄丸、金匮肾气丸、十全大补丸等。
有些西药也不能和藿香正气水同时使用，如酮康唑、替硝唑、甲硝唑，还有头孢菌素类药物，如头孢呋辛、头孢他啶、头孢氨苄等等。
因为藿香正气水中含有较多的酒精成分，如果和这类药物合用，会出现较严重的不良反应，所以需要联合用药的患者，一定要对此多加注意，应在医师指导下联合用药。