在艾滋病抗病毒治疗过程当中如果发生耐药，就应该及时调整治疗方案。因为目前抗病毒治疗原则是联合高效抗反转录病毒治疗，通常至少会联合三种抗病毒药物治疗。
当发生耐药时，至少应该调换两种抗病毒药物。目前抗病毒治疗方案通常会选择两种核苷类反转录酶抑制剂，加上一种非核苷类反转录酶抑制剂，如可以选择一种整合酶抑制剂或者蛋白酶抑制剂。艾滋病病毒极易变异，加之有些抗病毒药物发生耐药激增，如奈韦拉平、依非韦伦这两种重要的抗病毒药物，近年来就出现耐药激增。
另外，在抗病毒治疗过程当中如果不能够按时用药、擅自停药，都是引起耐药的原因。因此，在艾滋病抗病毒治疗过程当中要定期进行监测，及时发现耐药。