肠套叠有可能会反复发作。
对于婴幼儿因为肠道在腹腔内位置不固定，在肠套叠复位后仍有复发的可能性。对于成年人如果肠套叠的病因没有解除，如肠道肿瘤、肠息肉或者肠道憩室等病变，可能会引起慢性肠套叠的反复发作。因此，成年人一旦出现慢性肠套叠，在完善腹部CT等相关检查明确诊断后，需积极手术治疗，以解除病因，肠道肿瘤术后需行辅助治疗。
对于婴幼儿急性肠套叠，可通过钡剂灌肠诊断以及复位，如果时间较长或者考虑肠管已发生坏死，或者生命体征不平稳者，需积极手术治疗。